Der Alberssee in Lipperode wurde 1991 als freie Badestelle eingerichtet und besitzt nicht nur eine hervorragende Wasserqualität, sondern erfüllt auch hohe Standards an Sauberkeit und Sicherheit – dokumentiert mit dem jährlich neu verliehenen Umweltsiegel „Blaue Europa-Flagge“. Das Strandbad verfügt über 8.500 Quadratmeter Badestrand und 12.500 Quadratmeter Liegewiese. Sanitäreinrichtungen, Erste-Hilfe-Möglichkeiten, Kiosk und Strandcafé ergänzen das Angebot. Der Alberssee bietet nicht nur hervorragende Möglichkeiten für Badegäste, sondern auch einen Bootsverleih und Segelclub.
Der ehemalige Baggersee im Norden der Stadt ist heute ein Wasservogel – Schutzgebiet von landesweiter Bedeutung und bildet die Kernzone eines 147 Hektar großen Naturschutzgebietes. Der See ist für Besucher nicht zugänglich, da die Uferbereiche ein wichtiger Rast-, Nahrungs- und Brutplatz für Wasser- und Watvögel sind.
Eine NABU-Beobachtungshütte ermöglicht Einblicke in das Leben der Wasservögel.
Der Margaretensee ist in den 60er Jahren durch den Sandabbau im Nordosten Lippstadts entstanden. Der See ist in Privatbesitz, unter den Bäumen am Ufer befindet sich ein Campingplatz.
Die Lippe ist 214 Kilometer lang, entspringt in Bad Lippspringe und mündet bei Wesel in den Rhein. Sie durchfließt Lippstadt auf 26 Flusskilometern. Im Stadtgebiet münden Weihe, Gieselerbach, Glenne und Scheinebach in die Lippe. In den letzten Jahren gab es im westlichen Stadtgebiet verstärkte Renaturierungsmaßnahmen mit dem Ziel, die Lippe aus ihrem befestigten Korsett zu befreien. Im Rahmen des Lippeauenprogramms wurden die Klostermersch bei Benninghausen und die Hellinghäuser Mersch in ihren ursprünglichen Zustand versetzt, dort ist die Lippe jetzt wieder breit und flach, prägt ihr Bett wieder selbst. Jährliche Überflutungen der Aue sorgen dafür, dass der auentypische Wechsel zwischen Überfluten und Trockenfallen, zwischen Zerstören und Aufbauen, wieder funktioniert. Erste Erfolge sind sichtbar: Seltene Fischarten wie die Nase vermehren sich stark, Eisvögel und Störche brüten erfolgreich.
Zwischen Paderborn und Lippstadt verläuft parallel zur Lippe der Boker-Heide-Kanal, bevor er westlich von Cappel in die Glenne mündet. Der Kanal wurde 1853 als Bewässerungskanal für die trockene Sennelandschaft in Betrieb genommen. Heute ist der Kanal ein bedeutendes westfälisches Kulturdenkmal mit seinen 16 Wehranlagen. Lange Baumreihen entlang des Kanals und Schleusenanlagen prägen das Landschaftsbild.
Anfang des 19. Jahrhunderts wurde die Lippe unterhalb von Lippstadt durch den Bau von Schleusen an den vorhandenen Stauanlagen als Schifffahrtsweg ausgebaut. Da im nördlichen Stadtgebiet im Bereich der Mühlen der Bau von Schleusen nicht möglich war, wurde der Schifffahrtskanal gebaut und 1830 in Betrieb genommen. Doch schon bald kam der Schiffsverkehr durch die rasche Entwicklung der Eisenbahn als Transportmittel wieder zum Erliegen. Heute dient der Schifffahrtskanal dem Hochwasserschutz.
Zwei der vier prägenden Wasserlinien auf Lippstadts Stadtkarte stellen die nördliche und die südliche Umflut dar. Während die nördliche Umflut als Hochwasserabfluss heute bedeutsam ist, hat die südliche Umflut nur noch historische Bedeutung. Sie wurde einst in Verbindung mit der Festungsanlage errichtet. Ihr sternförmiger Verlauf ist heute noch auf dem Stadtplan gut erkennbar.
