An vielen Stellen des Stadtgebietes präsent ist der Fluss, dem die Stadt ihren Namen verdankt: Die Lippe. Sie durchfließt das Stadtgebiet auf einer Länge von rund 25 Kilometern in ost-westlicher Richtung: Von Rebbecke kommend über Mettinghausen, Hörste und Esbeck, teilt sie sich schließlich im Grünen Winkel in verschiedene Wasserwege wie die Südliche und Nördliche Umflut, den Schifffahrtskanal und eine schmalere Lippe. Sie alle fließen im Westen der Kernstadt wieder zusammen. In Cappel schließlich mündet von Norden die Glenne in den Fluss, die Lippe fließt weiter durch Hellinghausen und Benninghausen, bis sie in Eickelborn das Lippstädter Stadtgebiet wieder verlässt – in Richtung Lippborg.

Vor allem zwischen Lippstadt und Eickelborn  hat der Fluss in den vergangenen Jahren zahlreiche Renaturierungs-Maßnahmen erfahren, es sind natürliche Auenlandschaften und Überflutungsflächen entstanden, künstliche Dämme und Hindernisse wurden entfernt. Die Lippe darf sich jetzt ihr Bett selbst suchen und bei Hochwasser die Aue überschwemmen. Nebenbäche erhielten ihr altes Bett zurück, neue Kleingewässer wurden angelegt. Dieser natürliche Lebensraum bietet einer großen Zahl von Pflanzen und Tieren gute Lebensbedingungen, auch viele der ursprünglichen Fischarten bevölkern wieder den Fluss. In die Renaturierungsaktivitäten wurden auch die Uferböschungen einbezogen: Es entstanden Steilabbrüche und Kolke, Flachwasserzonen , Sandbänke und Seitenarme. Zahlreiche Wasservögel kehrten in die Lippeaue zurück, darunter auch mehrere Storchenpaare, die in der Hellinghäuser Mersch Jahr für Jahr brüten.

Auch andere der ursprünglich hier heimischen Tiere bevölkern inzwischen die Lippeaue: In der Hellinghäuser Mersch grasen Heckrinder, Taurusrinder und Konikpferde – allesamt alte, bzw. rückgezüchtete Rassen. Für Besucher gibt es unterschiedliche Angebote, die neu geschaffene Wildnis zu erleben: Fahrrad- und Wanderwege, die zu Aussichtsplattformen führen sowie geführte Exkursionen durch die Mitarbeiter der Arbeitsgemeinschaft Biologischer Umweltschutz e.V. (ABU).

Aber auch Kanutouristen und Kajakfahrer finden hervorragende Möglichkeiten, den Fluss per Boot zu erkunden. So gibt es für Individualtouristen Einstiegsstellen und Parkmöglichkeiten in Hörste, im Grünen Winkel, am Parkplatz des CabrioLi und in Benninghausen. Mehrere lokale Bootsverleiher wie Gamann Kanus und Kanutouren Deppe bieten im Rahmen von geführten Kanutouren die Möglichkeit, Kinder- und Familientouren, Betriebsausflüge oder Gruppentouren auf der Lippe zu unternehmen.

Die renaturierten Abschnitte der Lippe bieten inzwischen auch die Möglichkeit, im Sommer Wasser und Uferbereiche des Flusses ganz neu zu erleben: So sind an einigen Stellen direkt an der Lippe Strandabschnitte entstanden, an denen man die Füße ins Wasser baumeln lassen oder sich in den kühlen Fluten der Lippe erfrischen kann – so beispielsweise zwischen Esbeck und Hörste (erreichbar über die Straße „Schambrede“) oder in der Nähe des Jahnplatzes („Imstiftsmersch“).